Hvězdárna Ďáblice se od roku 1986 pravidelně věnuje pozorování zákrytů hvězd Měsícem případně dalšími tělesy naší sluneční soustavy. Je zařazena do celosvětové sítě stanic věnujících se těmto pozorováním, podobně jako řada dalších hvězdáren i soukromých pozorovatelů z ČR a SR. Výsledky pozorování jsou odesílány na hvězdárnu Valašské Meziříčí, kde je shromažďují z celé republiky a posílají k dalšímu zpracování do Tokia. Napozorované časové okamžiky zákrytů slouží vědcům ke studiu dynamiky soustavy Země-Měsíc.

Od počátku do současnosti se pro určování časových okamžiků zákrytů používá metoda stopky-časový vědecký signál ( dříve OMA 50 nyní DCF 77 ). V roce 1987, jako první v Československu, vyvinuta vlastní metoda používání televizní techniky s časovým rozlišením 0,02 s (jednoho půlsnímku). Tato metoda není, oproti předchozí, zatížena osobní chybou pozorovatele. Od roku 1994 používání televizní CCD kamery s citlivostí 0,02 Lx pro tato pozorování. V dalších letech tuto metodu televizní techniky postupně přebírají další hvězdárny ČR (Rokycany, Valašské Meziříčí, Teplice,Hradec Králové atd.) V roce 1995 se podařilo získat videozáznam denního zákrytu Venuše Měsícem, vstup i výstup,zřejmě jako jediné stanici v Evropě. V roce 1997 aktivní účast (jako jedna ze dvou hvězdáren v ČR) v mezinárodní pozorovací kampani PHEMU 97 - pozorování vzájemných zatmění a zákrytů Galileovských měsíců Jupiteru. Bylo pozorováno 6 vzájemných zatmění, vyhodnoceny světelné křivky (jako jediná hvězdárna v ČR) a výsledky odeslány do celosvětového centra této kampaně Bureau des Longitudes de Paris.